Если таможенным органом сдано в аренду здание (инвентарный объект), то данное здание подлежит налогообложению только в том случае, если оно полностью сдано в аренду и не используется по целевому назначению. Если здание является единицей бухгалтерского учета, то помещение в здании, а также само здание, принадлежащее таможенному органу, не могут быть признаны объектом налогообложения на основании подпункта 2 пункта 4 статьи 374 Налогового Кодекса.
Об этом Письмо Управления ФНС по Ленинградской области от 17.07.2007 N 06-05-1/09688@ «О налоге на имущество».
На основании пункта 1 статьи 374 НК РФ объектом налогообложения налогом на имущество организаций для российских организаций признается движимое и недвижимое имущество (включая имущество, переданное во временное владение, пользование, распоряжение или доверительное управление, внесенное в совместную деятельность), учитываемое на балансе в качестве объектов основных средств в соответствии с установленным порядком ведения бухгалтерского учета.
Положением по бухгалтерскому учету "Учет основных средств" ПБУ 6/01, утвержденным приказом Минфина России от 30.03.2001 N 26н, установлено, что единицей бухгалтерского учета основных средств является инвентарный объект.
Таможенные органы (в том числе региональные таможенные управления, таможни, таможенные посты) в соответствии с Указом Президента РФ от 20.05.2004 N 649 (с измен. и доп.) и Федеральным законом от 21.07.1997 N 114-ФЗ отнесены к федеральным органам исполнительной власти, в которых законодательно предусмотрена воинская служба.
Не признается объектом обложения налогом на имущество организаций в соответствии с подпунктом 2 пункта 4 статьи 374 НК РФ, принадлежащее на праве хозяйственного ведения или оперативного управления федеральным органам исполнительной власти, в которых законодательно предусмотрена военная и(или) приравненная к ней служба, используемое этими органами для нужд обороны, гражданской обороны, обеспечения безопасности и охраны правопорядка в Российской Федерации.
Если имущество используется не по назначению или сдается в аренду, то оно подлежит налогообложению в общеустановленном законом порядке.