В налоговую базу по НДС комиссионер включает средства, перечисляемые комитентом для исполнения сделки, в части, относящейся к стоимости выполняемых комиссионером услуг, то есть в сумме причитающегося ему вознаграждения. При этом комиссионер имеет право на налоговые вычеты только в части оказания посреднических услуг.
Об этом Письмо УФНС РФ по г. Москве от 09.11.2007 N 19-11/106847.
В соответствии с п. 1 ст. 990 и п. 1 ст. 991 Гражданского кодекса РФ по договору комиссии одна сторона (комиссионер) обязуется по поручению другой стороны (комитента) за вознаграждение совершить одну или несколько сделок от своего имени, но за счет комитента. Комитент обязан уплатить комиссионеру вознаграждение, а в случае, когда комиссионер принял на себя ручательство за исполнение сделки третьим лицом (делькредере), также дополнительное вознаграждение в размере и порядке, установленных в договоре комиссии.
Согласно п. 1 ст. 156 НК РФ налогоплательщики при осуществлении предпринимательской деятельности в интересах другого лица на основе договоров поручения, договоров комиссии либо агентских договоров определяют налоговую базу как сумму дохода, полученную ими в виде вознаграждений (любых иных доходов) при исполнении любого из указанных договоров.
Поэтому у посреднических организаций, работающих по договорам комиссии, НДС облагается только сумма дохода, которая получена в виде вознаграждения.