В налоговую базу по НДС у комиссионера включается сумма предоплаты, полученная от покупателей товаров, только в части, относящейся к стоимости выполняемых им услуг, то есть в части причитающегося ему вознаграждения.
Об этом Письмо УФНС РФ по г. Москве от 05.12.2007 N 19-11/115925.
В соответствии с п. 1 ст. 990 Гражданского кодекса РФ по договору комиссии одна сторона (комиссионер) обязуется по поручению другой стороны (комитента) за вознаграждение совершить одну или несколько сделок от своего имени, но за счет комитента.
На основании п. 1 ст. 991 ГК РФ комитент обязан уплатить комиссионеру вознаграждение, а в случае, когда комиссионер принял на себя ручательство за исполнение сделки с третьим лицом (делькредере), также дополнительное вознаграждение в размере и порядке, установленных в договоре комиссии.
Согласно п. 1 ст. 996 ГК РФ вещи, поступившие к комиссионеру от комитента либо приобретенные комиссионером за счет комитента, являются собственностью последнего. То есть комитент несет бремя содержания (в том числе исполнения налоговых обязательств) имущества (вещей, денежных средств), ему принадлежащего, независимо от того, что оно реально находится у комиссионера.
В п. 1 ст. 156 НК РФ установлено, что налогоплательщики при осуществлении предпринимательской деятельности в интересах другого лица на основании договоров поручения, комиссии либо агентских договоров определяют налоговую базу по НДС как сумму дохода, полученную ими в виде вознаграждений (любых иных доходов) при исполнении любого из указанных договоров.
Поэтому у посреднической организации, работающей по договорам комиссии, НДС облагается только сумма дохода, полученная в виде вознаграждения.