Доходы от продажи квартиры, находившейся в собственности налогоплательщика менее трех лет, превышающие размер имущественного налогового вычета, установленного пп. 1 п. 1 ст. 220 НК РФ, подлежат налогообложению налогом на доходы физических лиц в общеустановленном порядке по ставке 13 процентов.
Об этом Письмо Минфина РФ от 07.11.2011 N 03-04-05/5-867.
Согласно пп. 1 п. 1 ст. 220 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс) налогоплательщик при определении размера налоговой базы по налогу на доходы физических лиц имеет право на получение имущественных налоговых вычетов, в частности, в суммах, полученных налогоплательщиком в налоговом периоде от продажи квартир, комнат, включая приватизированные жилые помещения, и долей в указанном имуществе, находившихся в собственности налогоплательщика менее трех лет, но не превышающих в целом 1 000 000 руб.