Если квартира находилась в собственности налогоплательщика (независимо от изменения размера его доли в праве собственности на квартиру) более трех лет, то доход от продажи квартиры не подлежит налогообложению налогом на доходы физических лиц.
Об этом Письмо Минфина РФ от 15.12.2011 N 03-04-05/7-1046.
Согласно пп. 1 п. 1 ст. 220 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс) налогоплательщик при определении размера налоговой базы по налогу на доходы физических лиц имеет право на получение имущественных налоговых вычетов в суммах, полученных налогоплательщиком в налоговом периоде от продажи, в частности, квартир, комнат и долей в указанном имуществе, находившихся в собственности налогоплательщика менее трех лет, но не превышающих в целом 1 000 000 руб.
Согласно ст. 235 Гражданского кодекса Российской Федерации изменение состава собственников и размера их долей не влечет для этих лиц прекращения права собственности на имущество. При этом на основании ст. 131 Гражданского кодекса Российской Федерации изменение состава собственников имущества и размера их долей предусматривает государственную регистрацию такого изменения.
В связи с этим моментом возникновения права собственности на квартиру является не дата повторного получения свидетельства о праве собственности на имущество в связи с изменением размера долей в праве собственности на квартиру, а момент первоначальной государственной регистрации права собственности на данную квартиру.
В соответствии с п. 17.1 ст. 217 Кодекса не подлежат налогообложению налогом на доходы физических лиц доходы, получаемые физическими лицами, являющимися налоговыми резидентами Российской Федерации, за соответствующий налоговый период от продажи, в частности, квартир и долей в указанном имуществе, находившихся в собственности налогоплательщика три года и более.