Если у хозяйственного общества, применяющего упрощенную систему налогообложения, доля участия в его уставном капитале автономного образовательного учреждения высшего профессионального образования составит более 25 процентов, то такое хозяйственное общество утрачивает право на применение упрощенной системы налогообложения с начала того квартала, в котором допущено несоответствие указанному требованию, и обязано перейти на общий режим налогообложения.
Об этом Письмо Минфина РФ от 02.02.2012 N 03-11-06/2/16.
В соответствии с пп. 14 п. 3 ст. 346.12 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс) не вправе применять упрощенную систему налогообложения организации, в которых доля участия других организаций составляет более 25 процентов. Данное ограничение не распространяется:
на организации, уставный капитал которых полностью состоит из вкладов общественных организаций инвалидов, если среднесписочная численность инвалидов среди их работников составляет не менее 50 процентов, а их доля в фонде оплаты труда - не менее 25 процентов;
на некоммерческие организации, в том числе организации потребительской кооперации, осуществляющие свою деятельность в соответствии с Законом Российской Федерации от 19.06.1992 N 3085-1 ''О потребительской кооперации (потребительских обществах, их союзах) в Российской Федерации'', а также на хозяйственные общества, единственными учредителями которых являются потребительские общества и их союзы, осуществляющие свою деятельность в соответствии с указанным Законом ;
на учрежденные в соответствии с Федеральным законом ''О науке и государственной научно- технической политике'' бюджетными научными учреждениями и созданными государственными академиями наук научными учреждениями хозяйственные общества, деятельность которых заключается в практическом применении (внедрении) результатов интеллектуальной деятельности (программ для электронных вычислительных машин, баз данных, изобретений, полезных моделей, промышленных образцов, селекционных достижений, топологий интегральных микросхем, секретов производства (ноу-хау)), исключительные права на которые принадлежат данным научным учреждениям;
на учрежденные в соответствии с Федеральным законом от 22.08.1996 N 125-ФЗ ''О высшем и послевузовском профессиональном образовании'' высшими учебными заведениями, являющимися бюджетными образовательными учреждениями, и созданными государственными академиями наук высшими учебными заведениями хозяйственные общества, деятельность которых заключается в практическом применении (внедрении) результатов интеллектуальной деятельности (программ для электронных вычислительных машин, баз данных, изобретений, полезных моделей, промышленных образцов, селекционных достижений, топологий интегральных микросхем, секретов производства (ноу-хау)), исключительные права на которые принадлежат данным высшим учебным заведениям.
При этом п. 4.1 ст. 346.13 Кодекса установлено, что, если в течение отчетного (налогового) периода допущено несоответствие требованиям, установленным п. 3 ст. 346.12 Кодекса, такой налогоплательщик считается утратившим право на применение упрощенной системы налогообложения с начала того квартала, в котором допущено несоответствие указанным требованиям.
В соответствии с п. 2 ст. 120 Гражданского кодекса Российской Федерации государственное учреждение может быть автономным, бюджетным или казенным учреждением.
При этом гл. 26.2 ''Упрощенная система налогообложения'' Кодекса не предусмотрено, что вышеуказанное ограничение по доле участия других организаций не распространяется на хозяйственные общества, учрежденные автономными образовательными учреждениями высшего профессионального образования.
Исходя из этого вышеуказанное ограничение по доле участия других организаций распространяется на хозяйственные общества, учрежденные автономными образовательными учреждениями высшего профессионального образования, в общеустановленном порядке.
