Если квартира находилась в собственности налогоплательщика (независимо от изменения размера долей в праве собственности на квартиру) более трех лет, то доходы от продажи этой квартиры не подлежат налогообложению налогом на доходы физических лиц.
Об этом Письмо Минфина РФ от 09.02.2012 N 03-04-05/9-144.
Право собственности, в том числе основания его возникновения и прекращения, регулируется Гражданским кодексом Российской Федерации (далее - Гражданский кодекс).
Согласно ст. 218 Гражданского кодекса в случае смерти гражданина право собственности на принадлежавшее ему имущество переходит по наследству к другим лицам в соответствии с завещанием или законом.
Статьями 1114 и 1152 Гражданского кодекса установлено, что принятое наследство признается принадлежащим наследнику со дня открытия наследства, которым является день смерти гражданина, независимо от времени его фактического принятия, а также независимо от момента государственной регистрации права наследника на наследственное имущество, когда такое право подлежит государственной регистрации.
Следовательно, право собственности на наследуемое имущество возникает у наследника со дня открытия наследства (дня смерти наследодателя) независимо от даты государственной регистрации указанных прав.
Кроме того, в соответствии со ст. 235 Гражданского кодекса изменение состава собственников, в том числе переход имущества к одному из участников общей долевой собственности, не влечет для этого лица прекращения права собственности на указанное имущество. При этом на основании ст. 131 Гражданского кодекса изменение состава собственников имущества предусматривает государственную регистрацию такого изменения.
На основании п. 17.1 ст. 217 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс) не подлежат налогообложению налогом на доходы физических лиц доходы, получаемые физическими лицами, являющимися налоговыми резидентами Российской Федерации, за соответствующий налоговый период от продажи, в частности, квартиры, находившейся в собственности налогоплательщика три года и более, а также при продаже иного имущества, находившегося в собственности налогоплательщика три года и более.