Организация, являющаяся налоговым агентом и имеющая обособленное подразделение, сведения о доходах физических лиц в отношении работников обособленного подразделения организации представляет по месту учета организации в налоговом органе по месту нахождения обособленного подразделения.
Об этом Письмо Минфина России от 05.04.2012 N 03-04-06/8-103.
Согласно п. 7 ст. 226 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс) совокупная сумма налога, исчисленная и удержанная налоговым агентом у налогоплательщика, в отношении которого он признается источником дохода, уплачивается в бюджет по месту учета налогового агента в налоговом органе. Налоговые агенты - российские организации, указанные в п. 1 ст. 226 Кодекса, имеющие обособленные подразделения, обязаны перечислять исчисленные и удержанные суммы налога в бюджет как по месту своего нахождения, так и по месту нахождения каждого своего обособленного подразделения. Сумма налога, подлежащая уплате в бюджет по месту нахождения обособленного подразделения, определяется исходя из суммы дохода, подлежащего налогообложению, начисляемого и выплачиваемого работникам этих обособленных подразделений.
Таким образом, суммы налога на доходы физических лиц, исчисленного и удержанного с доходов работников обособленного подразделения, должны быть перечислены в бюджет по месту учета организации по месту нахождения соответствующего обособленного подразделения.
Пунктом 2 ст. 230 Кодекса установлено, что налоговые агенты представляют сведения о доходах физических лиц в налоговый орган по месту своего учета.
Обязанность налоговых агентов представлять сведения о доходах физических лиц в налоговый орган по месту своего учета корреспондирует с обязанностью налоговых агентов уплачивать совокупную сумму налога, исчисленную и удержанную налоговым агентом у налогоплательщика, в отношении которого он признается источником выплаты дохода, по месту учета налогового агента в налоговом органе.