Исчисление суммы налога производится налоговым агентом в момент оплаты (в полном объеме или при частичной оплате) услуг по аренде имущества субъекта Российской Федерации, оказываемых органом исполнительной власти субъекта Российской Федерации.
Об этом Письмо Минфина России от 18.05.2012 N 03-07-11/146.
В соответствии с п. 3 ст. 161 гл. 21 ''Налог на добавленную стоимость'' Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс) при предоставлении на территории Российской Федерации органами государственной власти и управления, органами местного самоуправления в аренду федерального имущества, имущества субъектов Российской Федерации и муниципального имущества налоговая база по налогу на добавленную стоимость определяется как сумма арендной платы с учетом налога. В этом случае налоговыми агентами признаются арендаторы указанного имущества. Указанные лица обязаны исчислить, удержать из доходов, уплачиваемых арендодателю, и уплатить в бюджет соответствующую сумму налога.
Что касается штрафов и пеней, начисленных органом исполнительной власти субъекта Российской Федерации за несвоевременную оплату услуг по аренде имущества субъекта Российской Федерации, то согласно пп. 2 п. 1 ст. 162 Кодекса налоговая база по налогу на добавленную стоимость увеличивается на суммы, связанные с оплатой реализованных товаров (работ, услуг).
По мнению специалистов Минфина, указанные штрафы и пени являются суммами, связанными с оплатой услуг по аренде. В связи с этим штрафы и пени, уплачиваемые органу исполнительной власти субъекта Российской Федерации за несвоевременную оплату услуг по аренде имущества субъекта Российской Федерации, налоговому агенту следует включать в налоговую базу по налогу на добавленную стоимость.