Сумма дохода, превышающая размер примененного имущественного налогового вычета, облагается налогом на доходы физических лиц в общеустановленном порядке по ставке 13 процентов.
Об этом Письмо Минфина России от 20.07.2012 N 03-04-05/7-893.
Согласно пп. 1 п. 1 ст. 220 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс) налогоплательщик при определении размера налоговой базы по налогу на доходы физических лиц имеет право на получение имущественных налоговых вычетов в суммах, полученных налогоплательщиком в налоговом периоде от продажи, в частности, квартир, комнат и долей в указанном имуществе, находившихся в собственности налогоплательщика менее трех лет, но не превышающих в целом 1 000 000 руб.
Вместо использования права на получение имущественного налогового вычета, предусмотренного данным подпунктом, налогоплательщик вправе уменьшить сумму своих облагаемых налогом доходов на сумму фактически произведенных им и документально подтвержденных расходов, связанных с получением этих доходов.
Согласно ст. 131 Гражданского кодекса Российской Федерации право собственности и другие вещные права на недвижимые вещи, ограничения этих прав, их возникновение, переход и прекращение подлежат государственной регистрации в едином государственном реестре органами, осуществляющими государственную регистрацию прав на недвижимость и сделок с ней.
Статьей 219 Гражданского кодекса Российской Федерации определено, что право собственности на здания, сооружения и другое вновь создаваемое недвижимое имущество, подлежащее регистрации, возникает с момента такой регистрации.
Поскольку право собственности на квартиру зарегистрировано в 2010 г., то при ее продаже в 2012 г. данная квартира находилась в собственности налогоплательщика менее трех лет.
Таким образом, налогоплательщик вправе применить один из двух вышеприведенных видов предоставления имущественного налогового вычета.