С 1 января 2011 г. в случае приобретения сотрудником организации статуса налогового резидента Российской Федерации возврат в связи с перерасчетом суммы налога производится по итогам налогового периода налоговым органом.
Об этом Письмо Минфина России от 09.08.2012 N 03-04-06/6-230.
Исчисление и уплата налога, ведение бухгалтерской и налоговой отчетности за представительство организации, зарегистрированное в Санкт-Петербурге, производились московским представительством организации.
В соответствии с пунктом 1.1 ст. 231 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс) в редакции Федерального закона от 27.07.2010 N 229-ФЗ ''О внесении изменений в часть первую и часть вторую Налогового кодекса Российской Федерации и некоторые другие законодательные акты Российской Федерации, а также о признании утратившими силу отдельных законодательных актов (положений законодательных актов) Российской Федерации в связи с урегулированием задолженности по уплате налогов, сборов, пеней и штрафов и некоторых иных вопросов налогового администрирования'', вступившей в силу с 1 января 2011 г., возврат суммы налога налогоплательщику в связи с перерасчетом по итогам налогового периода в соответствии с приобретенным им статусом налогового резидента Российской Федерации производится налоговым органом, в котором он был поставлен на учет по месту жительства (месту пребывания), при подаче налогоплательщиком налоговой декларации по окончании указанного налогового периода, а также документов, подтверждающих статус налогового резидента Российской Федерации в этом налоговом периоде, в порядке, установленном ст. 78 Кодекса.
Согласно п. 7 ст. 78 Кодекса заявление о зачете или о возврате суммы излишне уплаченного налога может быть подано в течение трех лет со дня уплаты указанной суммы, если иное не предусмотрено Кодексом.
Возврат суммы налога в связи со сменой налогового статуса налогоплательщика в 2009 г. может быть произведен в 2012 г. при подаче налогоплательщиком в налоговый орган, в котором он был поставлен на учет по месту жительства (месту пребывания), налоговой декларации за 2009 г. и документов, подтверждающих его налоговый статус в 2009 г.