При изъятии недвижимого имущества для федеральных нужд налогоплательщик вправе уменьшить сумму компенсации за изымаемое имущество на остаточную стоимость такого амортизируемого имущества, определенную на основании данных налогового учета.
Об этом Письмо Минфина России от 11.09.2012 N 03-07-11/369.
В соответствии с п. 3 ст. 38 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс) товаром для целей Кодекса признается любое имущество, реализуемое либо предназначенное для реализации.
На основании п. 1 ст. 39 Кодекса реализацией товаров организацией признается передача на возмездной основе права собственности на товары, а в случаях, предусмотренных Кодексом, передача права собственности на товары на безвозмездной основе.
Согласно пп. 1 п. 1 ст. 146 гл. 21 ''Налог на добавленную стоимость'' Кодекса одним из объектов налогообложения налогом на добавленную стоимость являются операции по реализации товаров. Поэтому при изъятии путем выкупа у организации объектов недвижимого имущества для федеральных нужд у организации возникает объект налогообложения налогом на добавленную стоимость.
В соответствии с п. 1 ст. 249 гл. 25 ''Налог на прибыль организаций'' Кодекса для целей налогообложения прибыли доходом от реализации признаются выручка от реализации товаров (работ, услуг) как собственного производства, так и ранее приобретенных, выручка от реализации имущественных прав. Поэтому в рассматриваемом случае передача организацией на возмездной основе (за компенсацию) права собственности на недвижимое имущество признается реализацией, а сумма компенсации - доходом от реализации.
Согласно пп. 1 п. 1 ст. 268 Кодекса при реализации амортизируемого имущества налогоплательщик вправе уменьшить доход от реализации на остаточную стоимость амортизируемого имущества, определяемую в соответствии с п. 1 ст. 257 Кодекса (с учетом особенностей, предусмотренных п. 3 ст. 268 Кодекса).