Если за 2012 г. средняя численность работников организации превышает 100 человек (по всем видам предпринимательской деятельности), то такая организация не вправе применять с 1 января 2013 г. систему налогообложения в виде единого налога на вмененный доход.
Об этом Письмо Минфина России от 15.10.2012 N 03-11-06/3/71.
Согласно пп. 1 п. 2.2 ст. 346.26 Налогового кодекса РФ (далее - Кодекс) на уплату единого налога на вмененный доход для отдельных видов деятельности не переводятся, в частности, организации и индивидуальные предприниматели, среднесписочная численность работников которых за предшествующий календарный год, определяемая в порядке, устанавливаемом федеральным органом исполнительной власти, уполномоченным в области статистики, превышает 100 человек.
При этом учитывается среднесписочная численность работников по всем видам предпринимательской деятельности независимо от применяемых режимов налогообложения, включая численность работников филиалов, представительств и иных обособленных подразделений налогоплательщика.
Таким образом, если среднесписочная численность работников в целом по организации (по всем видам предпринимательской деятельности) за предшествующий календарный год превышает установленный пп. 1 п. 2.2 ст. 346.26 Кодекса лимит в 100 человек, то организация не вправе применять систему налогообложения в виде единого налога на вмененный доход в отношении предпринимательской деятельности в сфере розничной торговли.
Для определения среднесписочной (средней) численности работников с 1 января 2012 г. следует руководствоваться Указаниями по заполнению форм федерального статистического наблюдения: N П-1 ''Сведения о производстве и отгрузке товаров и услуг'', N П-2 ''Сведения об инвестициях в нефинансовые активы'', N П-3 ''Сведения о финансовом состоянии организации'', N П-4 ''Сведения о численности, заработной плате и движении работников'', N П-5(М) ''Основные сведения о деятельности организации'', утвержденными Приказом Росстата от 24.10.2011 N 435.
В период 2009 - 2011 гг. в указанных целях использовались Указания , утвержденные Приказом Росстата от 12.11.2008 N 278.
Исходя из пп. 1 п. 2.2 ст. 346.26 Кодекса (в ред. Федерального закона от 25.06.2012 N 94-ФЗ ''О внесении изменений в части первую и вторую Налогового кодекса Российской Федерации и отдельные законодательные акты Российской Федерации'') на уплату единого налога на вмененный доход не вправе переходить организации и индивидуальные предприниматели, средняя численность работников которых за предшествующий календарный год, определяемая в порядке, устанавливаемом федеральным органом исполнительной власти, уполномоченным в области статистики, превышает 100 человек.