Переплата по НДФЛ может быть возвращена в порядке ст. 78 НК РФ, которой установлен порядок зачета или возврата сумм излишне уплаченного налога.
Об этом Письмо Минфина России от 17.10.2012 N 03-04-05/10-1198.
Работнику для приобретения жилья была предоставлена материальная помощь. В случае досрочного увольнения работника согласно дополнительному соглашению к трудовому договору материальная помощь должна быть возвращена организации пропорционально отработанному времени.
В связи с увольнением работника до истечения трехлетнего срока и возвратом части суммы материальной помощи, уменьшенной на сумму удержанного налога, у налогового агента образовалась переплата налога на доходы физических лиц.
Указанная переплата может быть возвращена в порядке ст. 78 НК РФ, которой установлен порядок зачета или возврата сумм излишне уплаченного налога.