В случае, если право собственности на квартиру принадлежало (независимо от изменения размера долей в праве собственности на имущество) более трех лет, то доходы, полученные от продажи указанного имущества, не подлежат налогообложению налогом на доходы физических лиц.
Об этом Письмо Минфина России от 25.10.2012 N 03-04-05/4-1220.
Согласно пп. 1 п. 1 ст. 220 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс) налогоплательщик при определении размера налоговой базы по налогу на доходы физических лиц имеет право на получение имущественных налоговых вычетов, в частности, в суммах, полученных налогоплательщиком в налоговом периоде от продажи квартир, комнат, включая приватизированные жилые помещения, и долей в указанном имуществе, находившихся в собственности налогоплательщика менее трех лет, но не превышающих в целом 1 000 000 руб.
Согласно ст. 235 Гражданского кодекса Российской Федерации изменение состава собственников, в том числе переход имущества к одному из участников общей долевой собственности, не влечет для этого лица прекращения права собственности на указанное имущество. При этом на основании ст. 131 Гражданского кодекса Российской Федерации изменение состава собственников имущества предусматривает государственную регистрацию такого изменения.
В связи с этим моментом возникновения права собственности у участника общей долевой собственности на квартиру является не дата повторного получения свидетельства о праве собственности на имущество в связи с изменением состава собственников имущества и долей в праве собственности на него, а момент первоначальной государственной регистрации права собственности на данное имущество.
В соответствии с п. 17.1 ст. 217 Кодекса не подлежат налогообложению налогом на доходы физических лиц доходы, получаемые физическими лицами, являющимися налоговыми резидентами Российской Федерации, за соответствующий налоговый период от продажи, в частности, квартиры, находившейся в собственности налогоплательщика три года и более.