По операциям с ценными бумагами и финансовыми инструментами срочных сделок, налоговая база по которым определяется в соответствии со ст. 214.1 НК РФ, налоговый агент вправе учесть расходы налогоплательщика в виде комиссии доверительного управляющего.
Об этом Письмо Минфина России от 09.11.2012 N 03-04-06/4-313.
В соответствии с п. 17 ст. 214.1 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс) налоговая база по операциям с ценными бумагами и по операциям с финансовыми инструментами срочных сделок, осуществляемым доверительным управляющим, определяется в порядке, установленном п. п. 6 - 15 ст. 214.1 Кодекса, с учетом сумм, уплаченных по договору доверительного управления доверительному управляющему в виде вознаграждения и компенсации произведенных им расходов по осуществленным операциям с ценными бумагами, финансовыми инструментами срочных сделок, а также расходов, установленных п. 10 ст. 214.1 Кодекса.
При этом расходы налогоплательщика учитываются в том налоговом периоде, в котором они были фактически осуществлены, независимо от того, за какой период они были начислены.
Что касается операций РЕПО, то в соответствии с п. 6 ст. 214.3 Кодекса налоговая база по таким операциям определяется как доходы в виде процентов по займам, полученных в налоговом периоде по совокупности операций РЕПО, уменьшенные на величину расходов в виде процентов по займам, уплаченных в налоговом периоде по совокупности операций РЕПО.
Учет сумм комиссии доверительному управляющему, уплачиваемой налогоплательщиком в связи с заключением и исполнением сделок РЕПО, при определении налоговой базы непосредственно по сделке РЕПО не предусмотрен.
Также не предусмотрен учет таких комиссий при определении налоговой базы по операциям займа ценными бумагами в соответствии со ст. 214.4 Кодекса.