Суммы налога на доходы физических лиц, исчисленного и удержанного с доходов работников обособленного подразделения, должны быть перечислены в налоговые органы по месту постановки на учет организации по месту нахождения соответствующего обособленного подразделения.
Об этом Письмо Минфина России от 22.11.2012 N 03-04-06/3-327.
Согласно п. 7 ст. 226 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс) совокупная сумма налога, исчисленная и удержанная налоговым агентом у налогоплательщика, в отношении которого он признается источником дохода, уплачивается в бюджет по месту учета налогового агента в налоговом органе. Налоговые агенты - российские организации, указанные в п. 1 ст. 226 Кодекса, имеющие обособленные подразделения, обязаны перечислять исчисленные и удержанные суммы налога в бюджет как по месту своего нахождения, так и по месту нахождения каждого своего обособленного подразделения. Сумма налога, подлежащая уплате в бюджет по месту нахождения обособленного подразделения, определяется исходя из суммы дохода, подлежащего налогообложению, начисляемого и выплачиваемого работникам этих обособленных подразделений.
Вышеизложенный порядок следует применять и при выплате дохода физическим лицам за выполнение работ (оказание услуг) по договорам гражданско-правового характера, в том числе по агентским договорам, заключенным с такими физическими лицами обособленным подразделением организации, независимо от места жительства (регистрации) физических лиц.