При проведении операций купли-продажи ценных бумаг на основании соглашений, заключаемых с иностранными организациями, обязанности налогового агента могут возникать только в отношении доходов иностранной организации от реализации акций (долей) российских организаций, более 50 процентов активов которых состоит из недвижимого имущества, находящегося на территории Российской Федерации, а также финансовых инструментов, производных от таких акций (долей), не обращающихся на организованном рынке ценных бумаг.
Об этом Письмо Минфина России от 03.12.2012 N 03-03-06/2/126.
В соответствии с п. 1 ст. 310 Кодекса налог с доходов, полученных иностранной организацией от источников в Российской Федерации, исчисляется и удерживается российской организацией или иностранной организацией, осуществляющей деятельность в Российской Федерации через постоянное представительство, выплачивающими доход иностранной организации, при каждой выплате доходов, указанных в п. 1 ст. 309 Кодекса, за исключением случаев, предусмотренных п. 2 ст. 310 Кодекса.
Подпунктом 5 п. 1 ст. 309 Кодекса установлено, что к доходам от источников в Российской Федерации, подлежащим налогообложению у источника выплаты, относятся доходы от реализации акций (долей) российских организаций, более 50 процентов активов которых состоит из недвижимого имущества, находящегося на территории Российской Федерации, а также финансовых инструментов, производных от таких акций (долей), за исключением акций, признаваемых обращающимися на организованном рынке ценных бумаг в соответствии с п. 3 ст. 280 Кодекса. При этом доходы от реализации на иностранных биржах (у иностранных организаторов торговли) ценных бумаг или производных от них финансовых инструментов, обращающихся на этих биржах, не признаются доходами от источников в Российской Федерации.
С учетом п. 2 ст. 309 Кодекса доходы иностранной организации, не осуществляющей деятельность в Российской Федерации через постоянное представительство, от реализации иных ценных бумаг обложению у источника выплаты в Российской Федерации не подлежат.