Полученные организацией из бюджета субсидии на возмещение недополученных доходов в связи с оказанием автотранспортных услуг по перевозке льготной категории населения, осуществляемых в рамках предпринимательской деятельности, переведенной на уплату единого налога на вмененный доход, облагаться налогами в рамках иных режимов налогообложения не должны.
Об этом Письмо Минфина России от 04.12.2012 N 03-11-06/3/81.
В соответствии с пп. 5 п. 2 ст. 346.26 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс) система налогообложения в виде единого налога на вмененный доход для отдельных видов деятельности может применяться по решениям представительных органов муниципальных районов, городских округов, законодательных (представительных) органов государственной власти городов федерального значения Москвы и Санкт-Петербурга в отношении, в частности, оказания автотранспортных услуг по перевозке пассажиров и грузов, осуществляемых организациями и индивидуальными предпринимателями, имеющими на праве собственности или ином праве (пользования, владения и (или) распоряжения) не более 20 транспортных средств, предназначенных для оказания таких услуг.
Согласно п. 4 ст. 346.26 Кодекса уплата организациями единого налога на вмененный доход для отдельных видов деятельности предусматривает их освобождение от обязанности по уплате, в частности, налога на прибыль организаций (в отношении прибыли, полученной от предпринимательской деятельности, облагаемой единым налогом).
При получении транспортной организацией денежных средств в виде субсидий за счет средств бюджетной системы Российской Федерации в соответствии с программой предоставления льготного проезда населению следует иметь в виду, что в соответствии с п. 1 ст. 78 Бюджетного кодекса Российской Федерации субсидии юридическим лицам (за исключением субсидий государственным (муниципальным) учреждениям), индивидуальным предпринимателям, физическим лицам - производителям товаров, работ, услуг предоставляются на безвозмездной и безвозвратной основе в целях возмещения затрат или недополученных доходов в связи с производством (реализацией) товаров, выполнением работ, оказанием услуг.
По своему экономическому назначению указанные субсидии в связи с реализацией услуг по регулируемым тарифам направляются на возмещение части произведенных затрат или недополученных доходов за услуги, возникшие в связи с деятельностью, которую осуществляет юридическое лицо.
