При реализации ценных бумаг одного эмитента, находящихся в разных портфелях, в расходах для целей налогообложения необходимо учитывать стоимость таких ценных бумаг, которые были приобретены первыми по времени, независимо от того, в каком портфеле они находятся.
Об этом Письмо Минфина России от 07.12.2012 N 03-03-06/2/130.
Согласно ст. 313 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - НК РФ) порядок ведения налогового учета устанавливается налогоплательщиком в учетной политике для целей налогообложения, утверждаемой соответствующим приказом (распоряжением) руководителя.
Особенности определения налоговой базы по операциям с ценными бумагами установлены ст. 280 НК РФ.
Из п. 9 ст. 280 НК РФ следует, что при реализации или ином выбытии ценных бумаг налогоплательщик самостоятельно в соответствии с принятой в целях налогообложения учетной политикой может выбрать метод списания на расходы стоимости выбывших ценных бумаг по стоимости первых по времени приобретений (ФИФО).
Раздельное применение вышеуказанного метода списания на расходы стоимости выбывших ценных бумаг в части инвестиционного и торгового портфелей положениями гл. 25 НК РФ не предусмотрено.