При определении налоговым агентом налоговой базы по операциям с ценными бумагами налоговый агент на основании заявления налогоплательщика может учитывать фактически осуществленные и документально подтвержденные расходы, которые связаны с приобретением и хранением соответствующих ценных бумаг и которые налогоплательщик произвел без участия налогового агента, в том числе до заключения договора с налоговым агентом, при наличии которого последний осуществляет определение налоговой базы налогоплательщика.
Об этом Письмо Минфина России от 17.12.2012 N 03-04-05/4-1399.
Абзацем 3 п. 18 ст. 214.1 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс) установлено, что при определении налоговым агентом налоговой базы по операциям с ценными бумагами налоговый агент на основании заявления налогоплательщика может учитывать фактически осуществленные и документально подтвержденные расходы, которые связаны с приобретением и хранением соответствующих ценных бумаг и которые налогоплательщик произвел без участия налогового агента, в том числе до заключения договора с налоговым агентом, при наличии которого последний осуществляет определение налоговой базы налогоплательщика.
Если налогоплательщиком не были своевременно представлены вышеуказанные документы, суммы налога, исчисленные налоговым агентом без их учета, не являются излишне удержанными и, соответственно, положения ст. 231 Кодекса в таких случаях налоговым агентом не применяются.
В таких случаях налогоплательщик вправе учесть эти расходы самостоятельно при подаче налоговой декларации в налоговый орган.