В случае, если квартира до даты ее продажи находилась в собственности налогоплательщика менее трех лет, то налогоплательщик вправе получить имущественный налоговый вычет, установленный пп. 1 п. 1 ст. 220 НК РФ. Сумма дохода, превышающая сумму примененного имущественного налогового вычета, подлежит налогообложению налогом на доходы физических лиц в общеустановленном порядке по ставке 13 процентов.
Об этом Письмо Минфина России от 14.02.2013 N 03-04-05/9-103.
В соответствии с пп. 1 п. 1 ст. 220 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс) налогоплательщик при определении размера налоговой базы по налогу на доходы физических лиц имеет право на получение имущественных налоговых вычетов в суммах, полученных налогоплательщиком в налоговом периоде от продажи, в частности, квартир, комнат, включая приватизированные жилые помещения, и долей в указанном имуществе, находившихся в собственности налогоплательщика менее трех лет, но не превышающих в целом 1 000 000 руб.
Вместо использования права на получение имущественного налогового вычета, предусмотренного вышеуказанным подпунктом, налогоплательщик вправе уменьшить сумму своих облагаемых налогом доходов на сумму фактически произведенных им и документально подтвержденных расходов, связанных с получением этих доходов.
Согласно ст. 131 Гражданского кодекса Российской Федерации право собственности и другие вещные права на недвижимые вещи, ограничения этих прав, их возникновение, переход и прекращение подлежат государственной регистрации в едином государственном реестре органами, осуществляющими государственную регистрацию прав на недвижимость и сделок с ней.
Таким образом, срок нахождения в собственности налогоплательщика объекта недвижимости следует определять с даты его регистрации в едином государственном реестре прав на недвижимое имущество и сделок с ним.