В случае, если услуги реализуются головной организацией, имеющей обособленные подразделения, счета-фактуры по оказанным услугам выписываются головной организацией. При этом при заполнении счетов-фактур в строке 26 указывается КПП головной организации.
Об этом Письмо Минфина России от 04.03.2013 N 03-07-09/6404.
В соответствии с Правилами заполнения счета-фактуры, применяемого при расчетах по налогу на добавленную стоимость, утвержденными Постановлением Правительства Российской Федерации от 26.12.2011 N 1137, в строке 26 ''ИНН/КПП продавца'' указываются идентификационный номер налогоплательщика и код причины постановки на учет налогоплательщика-продавца.