Поскольку право собственности на квартиру принадлежит налогоплательщику (независимо от изменения состава собственников и размера долей в праве собственности на квартиру) более трех лет, то доходы, которые будут получены налогоплательщиком от продажи квартиры, не будут подлежать налогообложению налогом на доходы физических лиц.
Об этом Письмо Минфина России от 06.03.2013 N 03-04-05/7-184.
Согласно пп. 1 п. 1 ст. 220 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс) налогоплательщик при определении размера налоговой базы по налогу на доходы физических лиц имеет право на получение имущественных налоговых вычетов в суммах, полученных налогоплательщиком в налоговом периоде от продажи, в частности, квартир, комнат и долей в указанном имуществе, находившихся в собственности налогоплательщика менее трех лет, но не превышающих в целом 1 000 000 руб.
Согласно ст. 235 Гражданского кодекса Российской Федерации изменение состава собственников и размера их долей не влечет для этих лиц прекращения права собственности на имущество. При этом на основании ст. 131 Гражданского кодекса Российской Федерации изменение состава собственников имущества и размера их долей предусматривает государственную регистрацию такого изменения.
В связи с этим моментом возникновения права собственности у участника общей долевой собственности на квартиру является не дата повторного получения свидетельства о праве собственности на имущество в связи с изменением состава собственников квартиры и долей в праве собственности на квартиру, а момент первоначальной государственной регистрации права собственности на данную квартиру.
В соответствии с п. 17.1 ст. 217 Кодекса не подлежат налогообложению налогом на доходы физических лиц доходы, получаемые физическими лицами, являющимися налоговыми резидентами Российской Федерации, за соответствующий налоговый период от продажи, в частности, квартир и долей в указанном имуществе, находившихся в собственности налогоплательщика три года и более.