В случае, если субсидии предоставлены некоммерческой организации безвозмездно на осуществление уставной деятельности, то при ведении раздельного учета указанные средства не учитываются при определении налоговой базы по налогу, уплачиваемому в связи с применением упрощенной системы налогообложения.
Об этом Письмо Минфина России от 11.03.2013 N 03-11-06/2/7127.
В соответствии с п. 1 ст. 346.15 Налогового кодекса РФ (далее - Кодекс) налогоплательщики при применении упрощенной системы налогообложения должны включать в состав доходов, учитываемых при определении объекта налогообложения по налогу, доходы от реализации и внереализационные доходы. Указанные доходы определяются соответственно исходя из положений ст. ст. 249 и 250 Кодекса. Доходы, предусмотренные ст. 251 Кодекса, в составе доходов не учитываются ( п. 1.1 ст. 346.15 Кодекса).
Согласно п. 2 ст. 251 Кодекса при определении налоговой базы не учитываются целевые поступления (за исключением целевых поступлений в виде подакцизных товаров). К ним относятся целевые поступления на содержание некоммерческих организаций и ведение ими уставной деятельности, поступившие безвозмездно на основании решений органов государственной власти и органов местного самоуправления и решений органов управления государственных внебюджетных фондов, а также целевые поступления от других организаций и (или) физических лиц, и использованные указанными получателями по назначению. При этом налогоплательщики - получатели указанных целевых поступлений обязаны вести раздельный учет доходов (расходов), полученных (понесенных) в рамках целевых поступлений.
В частности, к целевым поступлениям согласно пп. 3 п. 2 ст. 251 Кодекса относятся средства, предоставленные из федерального бюджета, бюджетов субъектов Российской Федерации, местных бюджетов, бюджетов государственных внебюджетных фондов, на осуществление уставной деятельности некоммерческих организаций.
В отношении уплаты минимального налога сообщаем, что в соответствии с п. 6 ст. 346.18 Кодекса налогоплательщики, которые применяют в качестве объекта налогообложения доходы, уменьшенные на величину расходов, уплачивают минимальный налог.
Сумма минимального налога исчисляется за налоговый период в размере 1 процента налоговой базы, которой являются доходы, определяемые в соответствии со ст. 346.15 Кодекса.
Учитывая, что суммы в виде субсидии, предоставленные некоммерческой организации безвозмездно на осуществление уставной деятельности, являются единственным источником ее дохода и не подпадают под налогообложение при применении упрощенной системы налогообложения, минимальный налог не исчисляется.
Согласно п. 1 ст. 346.23 Кодекса налоговая декларация по итогам налогового периода представляется налогоплательщиками-организациями не позднее 31 марта года, следующего за истекшим налоговым периодом.