Налоговый агент определяет налоговую базу налогоплательщика по всем видам доходов от операций, осуществляемых налоговым агентом в интересах налогоплательщика в соответствии с договором, за вычетом соответствующих расходов. Налоговый агент не учитывает при определении налоговой базы налогоплательщика доходы, полученные от операций, совершенных не на основании указанных выше договоров. При этом согласно п. 7 ст. 214.1 НК РФ доходы в виде процента (купона, дисконта), полученные в налоговом периоде по ценным бумагам, включаются в доходы по операциям с ценными бумагами.
Об этом Письмо Минфина России от 14.03.2013 N 03-04-06/7762.
В соответствии с п. 18 ст. 214.1 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс) налоговая база по операциям с ценными бумагами, по операциям с финансовыми инструментами срочных сделок, по операциям РЕПО с ценными бумагами и по операциям займа ценными бумагами определяется налоговым агентом, при этом согласно абз. 4 и 5 данного пункта налоговым агентом в целях данной статьи признается, в частности, депозитарий, осуществляющий на основании депозитарного договора выплату (перечисление) дохода в денежной форме по федеральным государственным эмиссионным ценным бумагам с обязательным централизованным хранением независимо от даты регистрации их выпуска и по иным эмиссионным ценным бумагам с обязательным централизованным хранением (в отношении выпусков, государственная регистрация которых или присвоение идентификационного номера которым осуществлены после 1 января 2012 г.), которые учитываются на счете депо, открытом физическому лицу, имеющему право на получение соответствующего дохода, а также депозитарий, осуществляющий на основании депозитарного договора выплату (перечисление) дохода в денежной форме по федеральным государственным эмиссионным ценным бумагам с обязательным централизованным хранением независимо от даты регистрации их выпуска и по иным эмиссионным ценным бумагам с обязательным централизованным хранением (в отношении выпусков, государственная регистрация которых или присвоение идентификационного номера которым осуществлены после 1 января 2012 г.), которые учитываются на счете депо иностранного номинального держателя, счете депо иностранного уполномоченного держателя и (или) счете депо депозитарных программ в соответствии с положениями ст. 214.6 Кодекса.
Из вышеприведенной нормы ст. 214.1 Кодекса следует, что депозитарий при выплате (перечислении) дохода по вышеуказанным ценным бумагам самостоятельно выполняет функции налогового агента.
Налоговый агент определяет налоговую базу налогоплательщика по всем видам доходов от операций, осуществляемых налоговым агентом в интересах налогоплательщика в соответствии с договором, за вычетом соответствующих расходов. Налоговый агент не учитывает при определении налоговой базы налогоплательщика доходы, полученные от операций, совершенных не на основании указанных выше договоров.
При этом согласно п. 7 ст. 214.1 Кодекса доходы в виде процента (купона, дисконта), полученные в налоговом периоде по ценным бумагам, включаются в доходы по операциям с ценными бумагами.
Налоговый агент удерживает также суммы налога, недоудержанные эмитентом ценных бумаг.
К недоудержанным относятся суммы налога, которые должны были быть удержаны эмитентом ценных бумаг при выплате дохода, если эмитент ценных бумаг в отношении выплат конкретного вида доходов признавался налоговым агентом, но которые по тем или иным причинам не были удержаны в полном объеме.
В случае, если банк выполняет функции депозитария в отношении перечисленных в абз. 4 и 5 п. 18 ст. 214.1 Кодекса эмиссионных ценных бумаг, по которым эмитент этих ценных бумаг выплачивает процентный доход, то налоговым агентом в отношении процентов по ценным бумагам является банк-депозитарий и обязанность по удержанию налога с процентного дохода лежит не на эмитенте ценных бумаг, а на банке.
При этом налоговая база по операциям с ценными бумагами определяется банком-депозитарием в общем порядке, установленном ст. 214.1 Кодекса, включая доходы в виде процента (купона, дисконта), полученные налогоплательщиком в налоговом периоде.