После применения освобождения от уплаты НДС организация не должна реализовывать товары (работы, услуги) с учетом налога на добавленную стоимость. Поэтому налог на добавленную стоимость, исчисленный и уплаченный в бюджет с оплаты (частичной оплаты), полученной в счет предстоящих поставок указанных товаров (выполнения работ, оказания услуг), к вычету не принимается.
Об этом Письмо Минфина России от 15.02.2013 N 03-07-07/4072.
На основании п. 1 ст. 145.1 гл. 21 ''Налог на добавленную стоимость'' Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс) организация, получившая статус участника проекта в соответствии с Федеральным законом ''Об инновационном центре ''Сколково'', имеет право на освобождение от обязанностей налогоплательщика, связанных с исчислением и уплатой налога на добавленную стоимость, при реализации товаров (работ, услуг) на территории Российской Федерации. При этом данная организация от обязанностей налогоплательщика налога на добавленную стоимость, возникающих при ввозе на территорию Российской Федерации и иные территории, находящиеся под ее юрисдикцией, товаров, подлежащих налогообложению в соответствии с пп. 4 п. 1 ст. 146 Кодекса, а также при исчислении и уплате налога в качестве налогового агента в случаях, предусмотренных ст. 161 Кодекса, не освобождается.