В случае если на основании договора комиссии либо агентского договора продавец оказывает услуги покупателю товаров по приобретению от своего имени услуг по транспортировке товаров, то вычеты налога на добавленную стоимость покупателем товаров по услугам по транспортировке производятся на основании счетов-фактур, составленных продавцом в соответствии с Правилами заполнения счета-фактуры.
Об этом Письмо Минфина России от 21.03.2013 N 03-07-09/8906.
На основании п. 1 ст. 172 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс) одним из обязательных условий применения вычетов налога на добавленную стоимость является наличие счетов-фактур, выставленных продавцами товаров (работ, услуг) при их приобретении налогоплательщиком.
Согласно п. 3 ст. 168 Кодекса соответствующие счета-фактуры выставляются при реализации товаров (работ, услуг). В связи с этим в случае если согласно условиям договора поставки продавец товаров обязуется организовать их доставку грузополучателю, а покупатель - возместить понесенные продавцом транспортные расходы, то в счете-фактуре, выставляемом продавцом по отгруженным товарам, услуги по транспортировке товаров, реализуемые перевозчиком, не указываются.
В случае если на основании договора комиссии либо агентского договора продавец оказывает услуги покупателю товаров по приобретению от своего имени услуг по транспортировке товаров, то вычеты налога на добавленную стоимость покупателем товаров по услугам по транспортировке производятся на основании счетов-фактур, составленных продавцом в соответствии с Правилами заполнения счета-фактуры, применяемого при расчетах по налогу на добавленную стоимость, утвержденными Постановлением Правительства Российской Федерации от 26.12.2011. При этом согласно пп. ''в'' п. 1 данных Правил при составлении счета-фактуры комиссионером (агентом), приобретающим товары (работы, услуги) от своего имени, в частности услуги по транспортировке товаров, в строке 2 счета-фактуры указываются полное или сокращенное наименование фактического продавца услуг, а не комиссионера (агента).