Суммы НДС, уплаченные подрядной организацией, применяющей УСН, при приобретении материалов, необходимых для выполнения работ по договору с заказчиком, учитываются в стоимости этих материалов и, соответственно, в стоимости выполненных работ.
Об этом Письмо ФНС России от 04.04.2013 N ЕД-4-3/6066.
Согласно п. 2 ст. 346.11 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс) организации, перешедшие на УСН, не признаются налогоплательщиками НДС, за исключением НДС, подлежащего уплате при ввозе товаров на таможенную территорию Российской Федерации, а также НДС, уплачиваемого в соответствии со ст. 174.1 Кодекса.
Таким образом, работы, выполненные подрядной организацией, применяющей УСН, НДС не облагаются, и, следовательно, указанная организация не вправе дополнительно к стоимости выполненных работ предъявлять к оплате заказчику этих работ соответствующую сумму НДС.
Подпунктом 3 п. 2 ст. 170 Кодекса установлено, что суммы НДС, уплаченные лицами, не являющимися плательщиками НДС, при приобретении товаров (работ, услуг) либо фактически уплаченные при ввозе товаров на территорию Российской Федерации, учитываются в стоимости таких товаров (работ, услуг).
В этой связи суммы НДС, уплаченные подрядной организацией, применяющей УСН, при приобретении материалов, необходимых для выполнения работ по договору с заказчиком, учитываются в стоимости этих материалов и, соответственно, в стоимости выполненных работ.