Так как работник организации, направляемый в служебную командировку в обособленное подразделение организации, не является работником такого обособленного подразделения, то сумма налога на доходы физических лиц, удержанная с суммы выплачиваемого ему среднего заработка, должна быть перечислена в бюджет по месту нахождения организации.
Об этом Письмо Минфина России от 11.04.2013 N 03-04-06/11990.
Согласно п. п. 1 и 2 ст. 226 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс) российские организации, от которых или в результате отношений с которыми налогоплательщик получил доходы, за исключением доходов, в отношении которых исчисление и уплата налога осуществляются в соответствии со ст. ст. 214.1 , 214.3 , 214.4 , 214.5 , 227 , 227.1 и 228 Кодекса, обязаны исчислить, удержать у налогоплательщика и уплатить сумму налога, исчисленную в соответствии со ст. 224 Кодекса. Указанные организации являются налоговыми агентами.
В соответствии с п. 7 ст. 226 Кодекса совокупная сумма налога, исчисленная и удержанная налоговым агентом у налогоплательщика, в отношении которого он признается источником дохода, уплачивается в бюджет по месту учета налогового агента в налоговом органе. Налоговые агенты - российские организации, указанные в п. 1 ст. 226 Кодекса, имеющие обособленные подразделения, обязаны перечислять исчисленные и удержанные суммы налога в бюджет как по месту своего нахождения, так и по месту нахождения каждого своего обособленного подразделения. Сумма налога, подлежащая уплате в бюджет по месту нахождения обособленного подразделения, определяется исходя из суммы дохода, подлежащего налогообложению, начисляемого и выплачиваемого работникам этих обособленных подразделений.