Головная организация обязана вести учет доходов, полученных от нее физическими лицами, отдельно по головной организации и отдельно по обособленному подразделению. Кроме того, головная организация должна уплачивать исчисленные и удержанные суммы НДФЛ как по месту своего нахождения, так и по месту нахождения обособленных подразделений. При этом она обязана оформлять отдельные платежные поручения по каждому обособленному подразделению с указанием присвоенного ему при постановке на налоговый учет КПП и соответствующего кода ОКАТО муниципального образования, в бюджет которого перечисляется НДФЛ.
Об этом Письмо УФНС РФ по г. Москве от 24.01.2008 N 28-11/006047.
На основании п. 7 ст. 226 НК РФ налоговые агенты, имеющие обособленные подразделения, обязаны перечислять исчисленные и удержанные суммы НДФЛ как по месту своего нахождения, так и по месту нахождения каждого своего обособленного подразделения.
Сумма налога, подлежащая уплате в бюджет по месту нахождения обособленного подразделения, определяется исходя из суммы дохода, подлежащего налогообложению, начисляемого и выплачиваемого работникам этих обособленных подразделений.