Порядок налогообложения налогом на добавленную стоимость на территории Российской Федерации регламентируется нормами гл. 21 ''Налог на добавленную стоимость'' Налогового кодекса Российской Федерации, согласно которым применение нулевой ставки налога на добавленную стоимость в отношении услуг по перевозке грузов с территории другого государства на территорию Российской Федерации, оказываемых российскими перевозчиками на железнодорожном транспорте, не предусмотрено. Поэтому налогообложение таких услуг на территории Российской Федерации осуществляется в общеустановленном порядке по ставке налога в размере 18 процентов.
Об этом Письмо Минфина РФ от 01.07.2008 N 03-07-08/165.
Статьей 5 Соглашения между Правительством Российской Федерации и Правительством Республики Казахстан о принципах взимания косвенных налогов во взаимной торговле от 09.10.2000 (далее - Соглашение) предусмотрено, что услуги по транспортировке товаров, вывозимых с таможенной территории государства одной Стороны на таможенную территорию государства другой Стороны, облагаются налогом на добавленную стоимость по нулевой ставке в государстве, налогоплательщики которого оказывают такие услуги, при подтверждении факта их оказания в соответствии с порядками, устанавливаемыми Сторонами.
Указанное положение Соглашения не распространяется на услуги по перевозке товаров, ввозимых с таможенной территории государства одной Стороны на таможенную территорию государства другой Стороны, оказываемые налогоплательщиками государства другой Стороны.