После представления налогоплательщиком уточненной налоговой декларации по НДС налоговый орган проверяет обоснованность суммы налога, заявленной к возмещению, при проведении камеральной налоговой проверки указанной налоговой декларации в порядке, установленном ст. 88 Налогового Кодекса.
Об этом Письмо Минфина РФ от 25.04.2008 N 03-02-07/2-76.
В силу п. 2 ст. 88 Налогового Кодекса (далее Кодекс) камеральная налоговая проверка проводится уполномоченным должностным лицом налогового органа в течение трех месяцев со дня представления налогоплательщиком налоговой декларации и документов, которые в соответствии с Кодексом должны прилагаться к налоговой декларации, если законодательством о налогах и сборах не предусмотрены иные сроки.
Указанные положения распространяются на уточненные налоговые декларации.
Порядок оформления результатов камеральной налоговой проверки налоговой декларации по НДС в случае выявления нарушений законодательства о налогах и сборах и порядок вынесения решений о привлечении налогоплательщика к ответственности за совершение налогового правонарушения либо об отказе в привлечении налогоплательщика к ответственности за совершение налогового правонарушения, о возмещении (полностью или частично) суммы НДС, заявленной к возмещению, предусмотренные ст. ст. 100 , 101 и 176 Кодекса, применяются и по результатам камеральной налоговой проверки уточненной налоговой декларации.
Камеральная налоговая проверка первичной налоговой декларации, в ходе которой налогоплательщик представил в налоговый орган уточненную налоговую декларацию до момента обнаружения налоговым органом факта неотражения или неполноты отражения сведений в первичной налоговой декларации, а также ошибок, приводящих к занижению подлежащей уплате суммы налога, прекращается.
В случае если уточненная налоговая декларация представлена в налоговый орган в ходе камеральной налоговой проверки первичной налоговой декларации в момент или после обнаружения налоговым органом нарушений законодательства о налогах и сборах, налоговый орган завершает такую проверку и принимает по ее результатам решение в соответствии со ст. 101 Кодекса.
Пунктами 3 и 4 ст. 81 Кодекса установлено, что если уточненная налоговая декларация представляется в налоговый орган после истечения срока подачи налоговой декларации, но до истечения срока уплаты налога, то налогоплательщик освобождается от ответственности, если уточненная налоговая декларация была представлена до момента, когда налогоплательщик узнал об обнаружении налоговым органом факта неотражения или неполноты отражения сведений в налоговой декларации, а также ошибок, приводящих к занижению подлежащей уплате суммы налога, либо о назначении выездной налоговой проверки. Если уточненная налоговая декларация представляется в налоговый орган после истечения срока подачи налоговой декларации и срока уплаты налога, то налогоплательщик освобождается от ответственности в случае представления уточненной налоговой декларации до момента, когда налогоплательщик узнал об обнаружении налоговым органом неотражения или неполноты отражения сведений в налоговой декларации, а также ошибок, приводящих к занижению подлежащей уплате суммы налога, либо о назначении выездной налоговой проверки по данному налогу за данный период, при условии, что до представления уточненной налоговой декларации он уплатил недостающую сумму налога и соответствующие ей пени.
