Если товары реализуются организацией через свои подразделения, счета-фактуры по отгруженным товарам (работам, услугам) могут выписываться этими подразделениями покупателям только от имени организации. При этом при заполнении счетов-фактур по товарам, реализованным подразделениями указанной организации, в строке 2б ''ИНН/КПП продавца'' указывается КПП соответствующего подразделения. При приобретении товаров (работ, услуг) подразделениями организации по строке 6б ''ИНН/КПП покупателя'' указывается КПП соответствующего подразделения.
Об этом Письмо Минфина РФ от 22.10.2008 N 03-07-09/33.
Согласно п. 3 ст. 169 Налогового кодекса Российской Федерации обязанность составлять счета-фактуры, вести журналы учета полученных и выставленных счетов-фактур, книги покупок и книги продаж возложена на налогоплательщиков налога на добавленную стоимость.
При реализации товаров (работ, услуг) организацией, состоящей на учете в налоговом органе в качестве крупнейшего налогоплательщика, в строке 2б ''ИНН/КПП продавца'' счета-фактуры указывается КПП организации, который содержится в уведомлении о постановке на учет в налоговом органе в качестве крупнейшего налогоплательщика.
Соответственно, при приобретении товаров (работ, услуг) такой организацией в счете-фактуре в строке 6б ''ИНН/ КПП покупателя'' указывается КПП организации, который содержится в указанном уведомлении.