В случае если при приемке товара выявлены расхождения в количестве и номенклатуре товара, продавец имеет право при наличии соответствующих первичных документов, оформленных согласно действующим требованиям бухгалтерского учета, внести исправления в счета-фактуры, заверив их подписью руководителя и печатью продавца.
Об этом Письмо Минфина РФ от 23.10.2008 N 03-07-09/34.
Согласно ст. 172 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс) вычетам подлежат суммы налога на добавленную стоимость, предъявленные налогоплательщику при приобретении товаров (работ, услуг) на территории Российской Федерации, на основании счетов-фактур, выставленных продавцами, после принятия на учет указанных товаров (работ, услуг) при наличии соответствующих первичных документов. В связи с этим вычету подлежат суммы налога на добавленную стоимость, соответствующие принятому на учет количеству товаров (работ, услуг).
Пунктом 3 ст. 168 Кодекса установлено, что при реализации товаров (работ, услуг) счета-фактуры выставляются не позднее пяти календарных дней, считая со дня отгрузки товара (выполнения работ, оказания услуг). Таким образом, если в течение этого срока выявлены расхождения по количеству отгруженных продавцом и принятых покупателем товаров, налогоплательщик может оформить счет-фактуру на количество товара по данным покупателя.
Следует также отметить, что в соответствии с п. 29 Правил ведения журналов учета полученных и выставленных счетов- фактур, книг покупок и книг продаж при расчетах по налогу на добавленную стоимость, утвержденных Постановлением Правительства Российской Федерации от 01.12.2000 N 914, в счетах-фактурах допускается внесение исправлений продавцом товаров (работ, услуг). При этом исправления, внесенные в счета-фактуры, должны быть заверены подписью руководителя и печатью продавца с указанием даты внесения исправления.