Применение льготы по уплате госпошлины не ставится в зависимость от статуса организации (в том числе ее принадлежности к федеральным органам исполнительной власти), а она распространяется на все государственные или муниципальные организации, за которыми недвижимое имущество закрепляется на праве оперативного управления.
Об этом Письмо Минфина РФ от 31.10.2008 N 03-05-05-03/48.
В соответствии с пп. 4.1 п. 3 ст. 333.35 НК РФ установлено, что за государственную регистрацию права оперативного управления недвижимым имуществом, находящимся в государственной или муниципальной собственности, госпошлина не уплачивается.