В случае если денежные средства, не связанные с оплатой подлежащих налогообложению налогом на добавленную стоимость товаров (работ, услуг), выделяются на компенсацию расходов автономного учреждения по оплате приобретаемых им товаров (работ, услуг), то такие денежные средства в налоговую базу по налогу на добавленную стоимость не включаются.
Об этом Письмо Минфина РФ от 11.03.2009 N 03-07-11/57.
Согласно пп. 1 п. 1 ст. 146 гл. 21 ''Налог на добавленную стоимость'' Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс) объектом налогообложения налогом на добавленную стоимость признается реализация товаров (работ, услуг) на территории Российской Федерации.
В соответствии с пп. 2 п. 1 ст. 162 Кодекса налоговая база по налогу на добавленную стоимость увеличивается на суммы денежных средств, полученных в виде финансовой помощи, на пополнение фондов специального назначения, в счет увеличения доходов либо иначе связанных с оплатой реализованных товаров (работ, услуг).
Таким образом, денежные средства, не связанные с оплатой подлежащих налогообложению налогом на добавленную стоимость товаров (работ, услуг), в налоговую базу по налогу на добавленную стоимость не включаются.