При продаже ранее приобретенной квартиры налогоплательщик может учесть все документально подтвержденные расходы по ее приобретению, произведенные за счет собственных средств, включая средства, полученные по Государственному жилищному сертификату.
Об этом Письмо Минфина РФ от 15.04.2009 N 03-04-05-01/214.
В соответствии с пп. 1 п. 1 ст. 220 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс) налогоплательщик при определении размера налоговой базы по налогу на доходы физических лиц имеет право на получение имущественных налоговых вычетов, в частности, в суммах, полученных налогоплательщиком в налоговом периоде от продажи жилых домов, квартир, комнат, включая приватизированные жилые помещения, дач, садовых домиков или земельных участков и долей в указанном имуществе, находившихся в собственности налогоплательщика менее трех лет, но не превышающих в целом 1 000 000 руб.
Вместо использования права на получение имущественного налогового вычета, предусмотренного данным подпунктом, налогоплательщик вправе уменьшить сумму своих облагаемых налогом доходов на сумму фактически произведенных им и документально подтвержденных расходов, связанных с получением этих доходов.
Из вышеизложенного следует, что налогоплательщик имеет право уменьшить сумму облагаемого налогом дохода от продажи квартиры, находившейся в собственности менее трех лет, на сумму документально подтвержденных расходов, связанных с ее приобретением.