Автономные учреждения к органам государственной власти и органам местного самоуправления не относятся, работы (услуги), выполненные (оказанные) данными учреждениями в рамках реализации государственного задания в соответствии с полномочиями органов государственной власти субъектов Российской Федерации (органов местного самоуправления), подлежат налогообложению налогом на добавленную стоимость в общеустановленном порядке.
Об этом Письмо Минфина РФ от 28.04.2009 N 03-07-11/118.
Пунктом 2 ст. 146 Налогового кодекса Российской Федерации установлен перечень операций, не признаваемых объектом налогообложения налогом на добавленную стоимость. В данный перечень включены операции по выполнению работ (оказанию услуг) органами, входящими в систему органов государственной власти и органов местного самоуправления, в рамках выполнения возложенных на них исключительных полномочий в определенной сфере деятельности, в случае если обязательность выполнения указанных работ (оказания услуг) установлена законодательством Российской Федерации, законодательством субъектов Российской Федерации, актами органов местного самоуправления.