Денежные средства, не связанные с оплатой товаров (работ, услуг), подлежащих налогообложению налогом на добавленную стоимость, в налоговую базу по налогу на добавленную стоимость не включаются. В случае если вышеуказанные денежные средства выделяются на компенсацию расходов автономного учреждения по оплате приобретаемых им товаров (работ, услуг), то такие денежные средства в налоговую базу по налогу на добавленную стоимость не включаются.
Об этом Письмо Минфина РФ от 28.04.2009 N 03-07-11/116.
Согласно пп. 1 п. 1 ст. 146 гл. 21 ''Налог на добавленную стоимость'' Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс) реализация товаров (работ, услуг) на территории Российской Федерации, в том числе на безвозмездной основе, признается объектом налогообложения налогом на добавленную стоимость.
В соответствии с пп. 2 п. 1 ст. 162 Кодекса налоговая база по налогу на добавленную стоимость увеличивается на суммы денежных средств, полученных в виде финансовой помощи, на пополнение фондов специального назначения, в счет увеличения доходов либо иначе связанных с оплатой реализованных товаров (работ, услуг).
Специалисты Минфина считают необходимым отметить, что операции по реализации товаров (работ, услуг), поставляемых (выполняемых, оказываемых) заказчикам на безвозмездной основе, расходы на которые компенсируются за счет средств бюджета, подлежат налогообложению налогом на добавленную стоимость в общеустановленном порядке на основании вышеуказанной нормы пп. 1 п. 1 ст. 146 Кодекса.
Что касается вычета налога на добавленную стоимость при приобретении товаров (работ, услуг) за счет средств, выделенных из бюджета субъекта Российской Федерации, то такой вычет производится в общеустановленном порядке.