Постановлением Правительства Российской Федерации от 02.12.2000 N 914 утвержден состав показателей счета-фактуры. При этом при заполнении счетов-фактур, в том числе по работам (услугам), реализованным организацией через свои подразделения, в строке 2б ''ИНН/КПП продавца'' указывается КПП соответствующего структурного подразделения. Соответственно, при приобретении товаров (работ, услуг) через структурные подразделения в строке 6б ''ИНН/КПП покупателя'' счета-фактуры - КПП соответствующего структурного подразделения.
Об этом Письмо Минфина РФ от 01.09.2009 N 03-07-09/43.
Согласно п. 3 ст. 169 Налогового кодекса Российской Федерации обязанность составлять счета-фактуры, вести журналы учета полученных и выставленных счетов-фактур, книги покупок и книги продаж возложена на налогоплательщиков налога на добавленную стоимость.
Обособленные подразделения организаций налогоплательщиками налога на добавленную стоимость не являются. Поэтому в случае если товары (работы, услуги) реализуются организациями через свои подразделения, то счета-фактуры по отгруженным товарам (выполненным работам, оказанным услугам) могут выписываться покупателям этими подразделениями только от имени организации.
Постановлением Правительства Российской Федерации от 02.12.2000 N 914 утверждены Правила ведения журналов учета полученных и выставленных счетов-фактур, книг покупок и книг продаж при расчетах по налогу на добавленную стоимость (далее - Правила), которыми предусмотрен состав показателей счета-фактуры. При этом при заполнении счетов-фактур, в том числе по работам (услугам), реализованным организацией через свои подразделения, в строке 2б ''ИНН/КПП продавца'' указывается КПП соответствующего структурного подразделения. Соответственно, при приобретении товаров (работ, услуг) через структурные подразделения в строке 6б ''ИНН/КПП покупателя'' счета-фактуры - КПП соответствующего структурного подразделения.