Выбытие имущества по причинам, не связанным с реализацией или безвозмездной передачей (например, в связи с недостачей), объектом налогообложения налогом на добавленную стоимость не является.
Об этом Письмо Минфина РФ от 20.07.2009 N 03-03-06/1/480.
В соответствии с п. 3 ст. 250 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс) для целей налогообложения прибыли к внереализационным доходам относятся доходы в виде признанных должником или подлежащих уплате должником на основании решения суда, вступившего в законную силу, штрафов, пеней и (или) иных санкций за нарушение договорных обязательств, а также сумм возмещения убытков или ущерба.
В соответствии с пп. 4 п. 4 ст. 271 Кодекса датой получения внереализационного дохода в виде сумм возмещения убытков (ущерба) является дата признания должником причиненного ущерба.
При этом организация-давалец на дату признания дохода в целях налогообложения прибыли уменьшает полученный от переработчика внереализационный доход в виде суммы возмещения за утраченное имущество на стоимость ранее приобретенного давальческого сырья.
Согласно п. 2 ст. 171 Кодекса суммы налога на добавленную стоимость подлежат вычету только в случае приобретения товаров (работ, услуг) для операций, признаваемых объектом налогообложения. Таким образом, суммы налога на добавленную стоимость по указанному имуществу, ранее правомерно принятые к вычету, подлежат восстановлению.
Восстановленные суммы налога на добавленную стоимость учитываются в составе прочих расходов, связанных с производством и реализацией.