Налогообложение доходов японской компании в виде роялти у источника выплаты в РФ производится с учетом положений Конвенции при условии представления иностранной организацией налоговому агенту подтверждения, предусмотренного в п. 1 ст. 312 НК РФ.
Об этом Письмо УФНС РФ по г. Москве от 08.06.2009 N 16-15/058512.
Согласно пп. 4 п. 1 ст. 309 НК РФ к доходам, полученным иностранной организацией (если получение таких доходов не связано с предпринимательской деятельностью иностранной организации через постоянное представительство в РФ) от источников в РФ, подлежащим обложению налогом на прибыль и удерживаемым у источника выплаты в РФ, относятся доходы от использования в России прав на объекты интеллектуальной собственности. К таким доходам, в частности, относятся платежи любого вида, получаемые в качестве возмещения за использование или за предоставление права использования любого авторского права на произведения литературы, искусства или науки, включая кинематографические фильмы и фильмы или записи для телевидения или радиовещания, использование (предоставление права использования) любых патентов, товарных знаков, чертежей или моделей, планов, секретной формулы или процесса либо использование (предоставление права использования) информации, касающейся промышленного, коммерческого или научного опыта.
На основании п. 1 ст. 310 НК РФ обязанности по исчислению, удержанию и перечислению в бюджет налога с доходов иностранной организации, не осуществляющей деятельности в РФ через постоянное представительство, возлагаются на организацию, выплачивающую доходы иностранной организации, - налогового агента.
Исчисление и удержание суммы налога с доходов, выплачиваемых иностранным организациям, производятся налоговым агентом по всем видам доходов, указанных в п. 1 ст. 309 НК РФ, во всех случаях выплаты таких доходов (за исключением случаев выплаты доходов, которые в соответствии с международными договорами (соглашениями) не облагаются налогом в РФ) при условии предъявления иностранной организацией налоговому агенту подтверждения, предусмотренного в п. 1 ст. 312 НК РФ. Об этом говорится в пп. 4 п. 2 ст. 310 НК РФ.
Правительство СССР и Правительство Японии заключили Конвенцию об избежании двойного налогообложения в отношении налогов на доходы от 18.01.1986 (далее - Конвенция). Данная Конвенция продолжает действовать в Российской Федерации в настоящее время.
Согласно п. 1 ст. 9 Конвенции доходы от авторских прав и лицензий, возникающие в одном Договаривающемся государстве и выплачиваемые лицу с постоянным местопребыванием в другом Договаривающемся государстве, могут облагаться налогами в этом другом Договаривающемся государстве.
В п. 2 ст. 9 Конвенции установлено, что:
доходы от авторских прав и лицензий, получаемые в качестве возмещения за использование или предоставление права использования любого авторского права на произведения литературы, искусства или науки, включая кинематографические фильмы и фильмы или пленки для радиовещания или телевидения, освобождаются от налогов в Договаривающемся государстве, в котором они возникают, если лицо, фактически имеющее право на доходы от авторских прав и лицензий, является лицом с постоянным местопребыванием в другом Договаривающемся государстве;
доходы от авторских прав и лицензий, получаемые в качестве возмещения за использование или предоставление права использования любого патента, товарного знака, чертежа или модели, плана, секретной формулы или процесса, или за использование или предоставление права использования промышленного, торгового или научного оборудования, или за информацию, касающуюся промышленного, торгового или научного опыта, могут также облагаться налогами в Договаривающемся государстве, в котором они возникают, и в соответствии с законодательством этого Договаривающегося государства. Однако взимаемый налог не должен превышать 10% валовой суммы доходов от авторских прав и лицензий, если лицо, фактически имеющее право на эти доходы, является лицом с постоянным местопребыванием в другом Договаривающемся государстве.