Если обособленное подразделение организации находится в Санкт-Петербурге, то суммы налога, удержанные с доходов физических лиц, работающих в указанном обособленном подразделении, подлежат уплате в бюджет г. Санкт-Петербурга.
Об этом Письмо УФНС РФ по г. Москве от 05.06.2009 N 20-15/3/057962.
В соответствии с п. 7 ст. 226 НК РФ налоговые агенты - российские организации, имеющие обособленные подразделения, обязаны перечислять исчисленные и удержанные суммы НДФЛ как по месту своего нахождения, так и по месту нахождения каждого обособленного подразделения.
Сумма налога, подлежащая уплате в бюджет по месту нахождения обособленного подразделения, определяется исходя из суммы подлежащего налогообложению дохода, начисляемого и выплачиваемого работникам этих обособленных подразделений.