Суммы излишне уплаченных налогоплательщиком НДС и налога на прибыль организаций не могут быть зачтены налоговому агенту в счет погашения недоимки или в счет предстоящих платежей по налогу на доходы физических лиц, сумма которого, подлежащая перечислению в бюджетную систему Российской Федерации, удерживается из денежных средств налогоплательщиков.
Об этом Письмо Минфина РФ от 20.11.2009 N 03-02-07/1-515.
Зачет сумм излишне уплаченных налогов и авансовых платежей в бюджетную систему Российской Федерации производится в порядке, установленном ст. 78 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс).
В силу абз. 2 п. 1 ст. 78 Кодекса (в ред. Федерального закона от 27.07.2006 N 137-ФЗ ''О внесении изменений в часть первую и часть вторую Налогового кодекса Российской Федерации и в отдельные законодательные акты Российской Федерации в связи с осуществлением мер по совершенствованию налогового администрирования'') зачет сумм излишне уплаченных налогоплательщиком федеральных налогов производится по федеральным налогам, а также по пеням, начисленным по федеральным налогам.
В связи с этим вне зависимости от того, что доходы от федеральных налогов подлежат зачислению в разные бюджеты бюджетной системы Российской Федерации, суммы излишне уплаченных налогоплательщиком НДС и налога на прибыль организаций могут быть в установленном порядке зачтены налогоплательщику в счет погашения недоимки по иным федеральным налогам.
В соответствии с п. 1 ст. 226 Кодекса российские организации -налоговые агенты, от которых или в результате отношений с которыми налогоплательщик получил доходы, обязаны исчислить, удержать у налогоплательщика и уплатить сумму налога на доходы физических лиц.