Если организация осуществляла уплату налога на прибыль до 1 января 2006 г., то в связи с истечением трехлетнего срока возврат и зачет излишне уплаченного налога на прибыль в счет уплаты других налогов не может быть осуществлен.
Об этом Письмо УФНС РФ по г. Москве от 30.06.2009 N 16-15/067069.
Согласно п. п. 7 и 8 ст. 78 НК РФ сумма излишне уплаченного налога подлежит возврату по письменному заявлению налогоплательщика. В случае наличия у налогоплательщика недоимки по уплате налогов и сборов или задолженности по пеням, начисленным тому же бюджету (внебюджетному фонду), возврат налогоплательщику излишне уплаченной суммы производится только после зачета указанной суммы в счет погашения недоимки (задолженности). Заявление о возврате суммы излишне уплаченного налога может быть подано в течение трех лет со дня уплаты указанной суммы.