Сумма излишне уплаченного налогоплательщиком налога на прибыль организаций не может быть зачтена налоговому агенту в счет погашения недоимки по налогу на доходы физических лиц, сумма которого, подлежащая перечислению в бюджетную систему Российской Федерации, удерживается из денежных средств налогоплательщиков. Вместе с тем налогоплательщик, на основании п. 6 ст. 78 НК РФ, вправе подать в налоговый орган заявление о возврате излишне уплаченной суммы налога на прибыль организаций.
Об этом Письмо Минфина РФ от 19.02.2010 N 03-02-07/1-69.
Зачет сумм излишне уплаченных налогов и авансовых платежей в бюджетную систему Российской Федерации производится в порядке, установленном ст. 78 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс).
В силу абз. 2 п. 1 ст. 78 Кодекса зачет сумм излишне уплаченных налогоплательщиком федеральных налогов производится по федеральным налогам, а также по пеням, начисленным по федеральным налогам.
В связи с этим вне зависимости от того, что доходы от федеральных налогов подлежат зачислению в разные бюджеты бюджетной системы Российской Федерации, сумма излишне уплаченного налогоплательщиком налога на прибыль организаций может быть в установленном порядке зачтена налогоплательщику в счет погашения недоимки по иным федеральным налогам.
В соответствии с п. 1 ст. 226 Кодекса российские организации - налоговые агенты, от которых или в результате отношений с которыми налогоплательщик получил доходы, обязаны исчислить, удержать у налогоплательщика и уплатить сумму налога на доходы физических лиц.
Согласно п. 9 указанной статьи уплата налога за счет средств налоговых агентов не допускается.