Организация - налоговый агент, имеющая обособленные подразделения, обязана вести учет доходов, полученных от нее физическими лицами, отдельно по головной организации и по обособленному подразделению. Также она должна уплачивать исчисленный и удержанный налог как в налоговый орган по месту учета головной организации, так и в налоговые органы по месту учета обособленных подразделений. При этом головная организация обязана оформлять отдельные платежные поручения по каждому обособленному подразделению с указанием присвоенного ему при постановке на налоговый учет КПП и соответствующего кода ОКАТО муниципального образования, в бюджет которого перечисляется НДФЛ.
Об этом Письмо УФНС РФ по г. Москве от 27.10.2009 N 20-15/3/112168.
Согласно п. 7 ст. 226 НК РФ налоговые агенты, имеющие обособленные подразделения, обязаны перечислять исчисленные и удержанные суммы НДФЛ как по месту своего нахождения, так и по месту нахождения каждого своего обособленного подразделения.
Сумма налога, подлежащая уплате в бюджет по месту нахождения обособленного подразделения, определяется исходя из суммы дохода, подлежащего налогообложению, начисляемого и выплачиваемого работникам этих обособленных подразделений.
В гл. 23 Налогового кодекса РФ не установлено особого порядка перечисления в бюджет НДФЛ организациями - крупнейшими налогоплательщиками.