В случае если налоговым органом установлено занижение налоговой базы по НДС и по результатам налоговой проверки доначислен налог с суммы заниженной налоговой базы, то у налогового органа нет обязанности уменьшить сумму доначисленного налога на налоговые вычеты, не заявленные налогоплательщиком самостоятельно.
Об этом Письмо ФНС РФ от 31.01.2008 N 03-2-03/157.
Согласно положениям ст. 171 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Налоговый кодекс) налогоплательщик имеет право уменьшить общую сумму налога, исчисленную в соответствии со ст. 166 Налогового кодекса, на установленные ст. 171 Налогового кодекса налоговые вычеты. При этом вычетам подлежат суммы налога, предъявленные налогоплательщику при приобретении товаров (работ, услуг) в отношении, в частности, товаров (работ, услуг), приобретаемых для осуществления операций, признаваемых объектами налогообложения в соответствии с гл. 21 Налогового кодекса.
Порядок применения налоговых вычетов установлен ст. 172 Налогового кодекса. В частности, налоговые вычеты, предусмотренные ст. 171 Налогового кодекса, производятся на основании счетов-фактур, выставленных продавцами при приобретении налогоплательщиком товаров (работ, услуг). Вычетам подлежат, в общем случае, только суммы налога, предъявленные налогоплательщику при приобретении товаров (работ, услуг), после принятия их на учет и при наличии соответствующих первичных документов.
Что касается обязанности налогоплательщика заявлять налоговые вычеты, предусмотренные ст. 171 Налогового кодекса, то такая обязанность, равно как и обязанность налогового органа уменьшить сумму налога, исчисленную с заниженной налоговой базы, на указанные налоговые вычеты, которые налогоплательщиком не заявлялись, положениями Налогового кодекса не предусмотрены.