В тех случаях, когда организация выступает в качестве управляющего, брокера, лица, осуществляющего операции по договору поручения, договору комиссии, агентскому договору, она является налоговым агентом и обязана исчислять, удерживать у налогоплательщика и перечислять в бюджет сумму налога на доходы физических лиц.
Об этом Письмо Минфина РФ от 24.03.2010 N 03-04-05/2-124.
Особенности определения налоговой базы, исчисления и уплаты налога на доходы физических лиц по операциям с ценными бумагами и операциям с финансовыми инструментами срочных сделок установлены ст. 214.1 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс).
В соответствии со ст. 214.1 Кодекса налоговым агентом признается доверительный управляющий, брокер, лицо, осуществляющее операции по договору поручения, договору комиссии, агентскому договору в пользу налогоплательщика, иное лицо, признаваемое налоговым агентом в соответствии с Кодексом.
Вместе с тем на налогового агента не возложена обязанность учитывать доходы и расходы налогоплательщика по операциям, которые осуществлялись без его участия и, соответственно, ответственность за достоверность и полноту сведений о доходах и расходах по таким операциям.
Из этого следует, что организация в качестве налогового агента не может учитывать расходы по приобретению физическим лицом ценных бумаг, полученных им без участия налогового агента.
Такие расходы могут быть учтены физическим лицом самостоятельно при подаче налоговой декларации в налоговый орган по окончании налогового периода.